La región donde hoy se encuentra Huancavelica fue antiguamente poblada por humanos de hace 12.000 años  a. C., en la época del Pleistoceno tardío y a inicios del Holoceno. No existen restos humanos en esta zona, pero es posible su paso por aquí, ejemplo de esto cuenta Matos Mendieta que en las cuevas de Pacococha y Orcococha - ubicadas en las alturas de la provincia de Castrovirreyna - existen evidencias de la cacería del caballo americano ya extinguido y demás especies, esto ocurrido hace 12.000 años.[13] Ejemplos como el de Mendieta, diferentes arqueólogos como Arturo Ruiz Estrada, Rogger Ravines, Fredy Ferrúa también tienen hallazgos sobre la presencia de grupos humanos en esta zona.

Luego pasaron de ser cazadores, como cuenta el ejemplo de Mendieta, a recolectores horticultores, como lo muestra su libro "Cronología de Huancavelica", esto sucedía entre los años 6.000 y 5.000 a. C., prueba de esto en el distrito de Vilca, apunta Chaud Gutiérrez en 1975, se encontró raspadores, puntas de proyectil, cuchillos, microlitos, así como cantidad de huesos de animales en el complejo Waraque Machay.[16] Ésta llegaría a ser uno de los últimos períodos de desarrollo preagrícolas de los Andes Centrales. Fredy Ferrúa, da a conocer que entre los años 5.000 y 3.000 a. C. empieza el período del Neolítico, caracterizado por el comienzo de la agricultura y la domesticación de animales.[14] En la antigua Huancavelica estos hechos ocurrieron en las punas de la provincia homónima y Castrovirreyna con la domesticación de algunas especies de camélidos.[13] Hace 4.000 años la población empezaba a crecer, entonces recurrían a establecerse en campamentos, se refugiaban en cuevas, en huecos que ellos mismos excavaban y en el contorno construían para cubrirlos con hojas y pajas. De la mano con este crecimiento empiezan los primeros indicios de la Pachamanca, como cocer la carne en un horno bajo la tierra. Entre los años 1200 y 100 a. C., empieza el período Horizonte Temprano o Chavín, suceso que ocurrió en gran parte del Perú, incluyendo a Huancavelica. A 15 km de la ciudad se encuentra el sitio "Atalalla", que fue la zona agroalfarera más grande en ese tiempo.[13] [17] Ésta llegaría a ser uno de los últimos períodos de desarrollo preagrícolas de los Andes Centrales. Fredy Ferrúa, da a conocer que entre los años 5.000 y 3.000 a. C. empieza el período del Neolítico, caracterizado por el comienzo de la agricultura y la domesticación de animales.[14] Luego pasaría a la época de Desarrollos Regionales como señala Chaud.[17] Así como se reconoce a Nazca en la costa del sur o a Moche en la costa del norte, en Huancavelica fueron los Cajas - nombre bautizado por Mendieta -, que se expandieron en la sierra central.[13] Según Mendieta este período Caja se desarrolla como la influencia inicial de Chavín y final de Paracas. Ya entre los años 600 y 1.000 d. C., interviene la presencia de Wari, también conocida como el "Primer Imperio Andino". Este imperio abarca toda la región huancavelicana y gran parte del territorio peruano.[13] Durante la época incaica Huancavelica fue objeto de disputas con los chancas. Según Garcilaso de la Vega, fue dividida en tres partes a las que denominaron Jauja, Marcavilca y Llacsapallanca; esta última se llamaría Huancavelica durante la llegada de los españoles.

Minas de Santa Bárbara

En el Virreinato del Perú, la historia cuenta que por el año de 1566, el indio Ñavincopa, curaca y yanacona del encomendero español, don Amador de Cabrera, le hace saber a su amo sobre la mina de mercurio "De todos los Santos", después llamada, "Mina de Santa Bárbara" a 20 leguas de distancia, ubicada a 3,675 m.s.n.m. en el cerro Wanka Wilka - del quechua "ídolo de piedra" -, a la que inicialmente identificaron como "La Descubridora".[19] [6] Fue así que su destino cambia radicalmente, convirtiéndose no sólo como elemento vital en el virreinato del Perú, sino también sobre el conjunto de la economía de la Nueva España y la Monarquía íntegra;[20] tanto así que se convirtió en la segunda mina de azogue más importante del continente americano y la tercera del mundo.[20] [6] Muestra de esta riqueza son las grandes casonas que engalanan las calles céntricas de la ciudad.[6] Sin embargo, su esplendor se fue apagando hacia el siglo XVIII cuando se produjeron derrumbes en dicho yacimiento, los trabajos se fueron paralizando debido a las difíciles condiciones de producción y se suscitaron constantes reclamos en las exigencias de cumplimiento de algunas cláusulas del contrato pactado por parte de los asentistas de esta ciudad.

Fundación

Después de el descubrimiento de las minas de Santa Bárbara, en el cerro Wanka Willca, el poblado del valle de Secclla tuvo un crecimiento rápido, lo suficiente para que el virrey Toledo le diera el encargo a Francisco de Angulo, de fundar el "Pueblo Rico de Oropesa".

La fundación de Huancavelica fue tardía a comparación de otras ciudades ya fundadas por los españoles, debido a que estaban los ojos puestos por los descubrimentos de las minas de azogue. En esta ciudad ya vivían españoles antes de la fundación, que trabajaban en las minas, se sabe que en la llanura de Seccha en cuya orilla fluye el río Siquisichca, había construcciones rústicas en forma de cobertizos, donde iban a descansar los mineros después de sus labores.[11] El estado interesado en las minas descubiertas en esta ciudad, realiza la fundación con el nombre de "Pueblo Rico de Oropesa". El virrey Don Francisco de Toledo dispuso su fundación oficial el 4 de agosto de 1571.

Después de diez años, el corregidor de Huamanga, que también gobernaba a la ciudad de Huancavelica, se veía limitado a gobernar estas dos jurisdicciones y ante las numerosas solicitudes y peticiones de los pobladores de un único gobernador, como cuenta Guillermo Lohmann,

Esto debido a que Huancavelica hacía mérito de su importancia con una iglesia en construcción muy adelantada, un hospital sostenido en gran parte por el mineraje y en el casco urbano ya existían alrededor de 170 viviendas.

República

En el período de la lucha de la independencia, El Sargento Mayor Marino Castaño, fue el líder que movió a los huancavelicanos a partir de esta gesta emancipadora, desde 1814 hasta 1824, apoyando a Mateo Pumacahua,[18] líder indígena que se sublevó repetidas ocasiones contra la opresión de los españoles.[6] Fue reconocida como ciudad el 21 de Junio de 1825.[6]

Llegada la época republicana, uno de los acontecimientos más importantes de los cuales existen registros, es la inauguración del ferrocarril que une la ciudad de Huancavelica con Huancayo, inaugurado el 24 de octubre de 1926. La construcción fue iniciada en el año 1908 con la intención de el tramo Huancayo - Izacuchaca y luego hacia Ayacucho; sin embargo, el Ministro de Fomento, Don Celestino Manchego Muñoz, logró desviar las intenciones mayoritarias y llevó la construcción de ferrocarril hacia Huancavelica y luego hasta Pisco.

A inicios del siglo XX, en el período del régimen aprista, el Diputado Dr. Moisés Tambini del Valle presentó un proyecto de creación de una universidad en Huancavelica, que luego fue aprobado por la Ley Nº 25265, la misma que se promulgó y se publicó el 20 de junio de 1990, creando la Universidad Nacional de Huancavelica.[18] El cargo de Coordinador General de esta universidad lo inició el periodista colegiado don Héctor Segovia Alguiar. El 28 de abril se coloca la primera piedra de la actual ciudad universitaria en su ubicación actual Paturpampa. El 4 de abril de 1992, con 860 jóvenes, se dio inicio a las actividades académicas tanto en Huancavelica como en las subsedes descentralizadas de Acobamba, Angaraes y Tayacaja.[18] Luego de varios años de funcionamiento, la universidad se pone en protesta por su institucionalidad, con marchas multitudinarias, de esta manera la Asamblea Nacional de Rectores da la autonomía universitaria a esta institución de enseñanza mayor en el año 2000. Actualmente la universidad goza de plena autonomía académica, normativa, gobernativa, administrativa y económica.