Dos leyendas indígenas atribuyen su fundación a su primer jefe de estado, un personaje legendario llamado Manco Cápac, junto a su hermana y consorte Mama Ocllo. En ambas se afirma que el lugar fue revelado por el dios sol (Inti) a los fundadores después de una peregrinación iniciada al sur del Valle Sagrado de los Incas en busca del lugar exacto.

Por datos arqueológicos y antropológicos se ha ido estudiando el verdadero proceso de la ocupación del Cuzco. El consenso apunta a que, debido al colapso del reino de Taypiqala se produjo la migración de su pueblo. Este grupo de cerca de 500 hombres se habría establecido paulatinamente en el valle del río Huatanay, proceso que culminaría con la fundación del Cuzco. Se desconoce la fecha aproximada pero gracias a vestigios se acuerda que el emplazamiento donde se ubica la ciudad ya se encontraba habitada hace 3000 años. Sin embargo, considerando únicamente su emplazamiento como capital del Imperio inca (mediados del siglo XIII) el Cuzco aparece como la ciudad habitada más antigua de toda América.

Fue la capital y sede de gobierno del Reino de los incas y lo siguió siendo al iniciarse la época imperial, convirtiéndose en la ciudad más importante de los Andes y de América del Sur. Este centralismo le dio auge y se convirtió en el principal foco cultural y eje del culto religioso.

Se atribuye al gobernante Pachacútec el haber hecho del Cuzco un centro espiritual y político. Pachacútec llegó al poder en 1438, y él y su hijo Túpac Yupanqui dedicaron cinco décadas a la organización y conciliación de los diferentes grupos tribales bajo su dominio, entre ellos los Lupaca y los Colla. Durante el periodo de Pachacútec y Túpac Yupanqui, el dominio de Cuzco llegó hasta Quito, al norte, y hasta el río Maule, al sur, integrado culturalmente a los habitantes de 4.500 km de cadenas montañosas.

También se cree que el diseño original de la ciudad es obra de Pachacútec. El plano del Cuzco antiguo tiene forma de puma delineado, con la plaza central Haucaypata en la posición que ocuparía el pecho del animal. La cabeza del felino estaría ubicada en la colina donde está la fortaleza de Sacsayhuamán.

Los incas organizaron su división administrativa de manera que los límites de los cuatro regiones del imperio coincidieran en la plaza principal del Cuzco.

Fundación española y época virreinal

Los conquistadores españoles supieron desde su llegada a lo que es hoy territorio peruano, que su meta era tomar la ciudad del Cuzco, capital del imperio.

Luego de capturar al inca Atahualpa en Cajamarca, iniciaron su marcha hacia el Cuzco. En el camino fundaron algunas ciudades como enlace entre la capital del Imperio y la pionera ciudad de San Miguel de Tangarará. El 15 de noviembre de 1533, Francisco Pizarro fundó a la usanza española la ciudad del Cuzco, estableciendo como Plaza de Armas la ubicación que aún mantiene la ciudad moderna y que era también la plaza principal durante el incanato y que se encontraba rodeada de los palacios de quienes fueron los soberanos incas. En el solar que da al norte se inició la construcción de la catedral. Pizarro otorgó al Cuzco la denominación de Cuzco, Ciudad Noble y Grande el 23 de marzo de 1534.

Los sobrevivientes del Imperio incaico mantuvieron una lucha durante los primeros años de la colonia. En 1536 Manco Inca inició sus enfrentamientos y creó la dinastía de los Incas de Vilcabamba. Esta dinastía encontró su fin en 1572 cuando el último inca Túpac Amaru I fue derrotado, capturado y decapitado.

La ciudad se convirtió en un importante centro comercial y cultural de los Andes centrales ya que se encontraba en las rutas entre Lima y Buenos Aires. Sin embargo, la administración virreinal prefirió la ubicación de Lima (fundada dos años después que Cuzco en 1535) y principalmente la cercanía de ésta con el puerto natural de lo que sería El Callao para establecer la cabecera de sus dominios en Sudamérica. La ciudad ya es mencionada en el primer mapa conocido sobre el Perú.

Cuzco fue tomada como cabecera de la administración virreinal en el sur del país, siendo en sus inicios la ubicación de más importancia en detrimento de las ciudades recientemente fundadas de Arequipa o Moquegua. Su población era principalmente de indígenas pertenecientes a la aristocracia incaica a quienes se les respetó algunos de sus fueros y privilegios. También se radicaron un buen número de españoles. En esa época inició el proceso de mestizaje cultural que hoy marca a la ciudad.

El desarrollo urbano se vio interrumpido por varios terremotos que en más de una ocasión destrozaron la ciudad. En 1650 un terremoto violento destruyó casi todos los edificios coloniales. Durante este terremoto obtuvo gran importancia la efigie del Señor de los Temblores que aún hoy es sacado anualmente en procesión.

En 1780 la ciudad del Cuzco se vio convulsionada por el movimiento iniciado por el cacique José Gabriel Condorcanqui, Túpac Amaru II que se levantó contra la administración española. Su levantamiento fue sofocado tras varios meses de lucha en los que puso en jaque a las autoridades virreinales apostadas en el Cuzco. Túpac Amaru fue vencido, tomado prisionero y ejecutado junto a toda su familia en la Plaza de Armas del Cuzco. Aún hoy subsiste, al costado de la Iglesia de la Compañía de Jesús la capilla que sirvió de prisión al prócer. Este movimiento se expandió rápidamente por todos los Andes y marcó el inicio del proceso emancipador sudamericano.

En el siglo XIX, otro levantamiento en contra de la administración virreinal tuvo lugar en el Cuzco. El brigadier Mateo Pumacahua, mestizo cusqueño quien había enfrentado a las fuerzas de Túpac Amaru II, inició otro movimiento junto con los hermanos Angulo para lograr la independencia del Perú. Este levantamiento también fue sofocado.

Época republicana

El Perú declaró su independencia en 1821 y la ciudad del Cuzco mantuvo su importancia dentro de la organización político administrativa del país. En efecto, se creó el departamento del Cuzco que abarcaba incluso los territorios amazónicos hasta el límite con el Brasil. La ciudad fue la capital de dicho departamento y la ciudad más importante del sur este andino.

A partir del siglo XX, la ciudad inició un desarrollo urbano en un mayor ritmo que el experimentado hasta ese momento. La ciudad se extendió a los vecinos distritos de Santiago y Wanchaq.

En 1911, partió de la ciudad la expedición de Hiram Bingham que lo llevó a explorar las ruinas incaicas de Machu Picchu.

Condecoraciones

Actualidad

En 1950 otro terremoto sacudió la ciudad causando la destrucción de más de un tercio de todos sus edificios. La ciudad empezó a constituirse como un foco importante de turismo y empezó a recibir un mayor número de turistas.

Desde los años 1990s, la actividad turística tomo un especial papel en la economía de la ciudad con la consiguiente ampliación de actividades hoteleras. Actualmente el Cuzco es el principal destino turístico del Perú. Por su parte la ciudad mantiene su crecimiento urbano, extendiéndose actualmente también a los distritos de San Sebastián y San Jerónimo.

Bajo la alcaldía de Daniel Estrada Pérez, un apoyador de la Academia Mayor de la Lengua Quechua en Cuzco, entre 1983 y 1995 se introdujo un nuevo nombre oficial de la ciudad - Qosqo - y se oficializaron los nombres antiguos quechuas de las calles.