El territorio de Boyacá en la época prehispánica estaba poblado por los indígenas muiscas bajo el mando del zaque de Hunza, quienes se dedicaban a la agricultura, los tejidos y el trabajo minero. En 1537, llegó a este territorio Gonzalo Jiménez de Quesada para ocupar las tierras, distribuir los indígenas en encomiendas, obtener recursos y poblar. En 1539, Gonzalo Suárez Rendón fundó Tunja y otras poblaciones ocupadas por los antiguos caseríos indígenas. Durante la colonia, Tunja fue uno de los más importantes centros políticos y económicos. En el siglo XIX, las gestas de los libertadores recorrieron su territorio y se libraron allí decisivas batallas, como la del Pantano de Vargas y la de Boyacá (1819). Templos, conventos, calles y monumentos históricos dan cuenta de su protagonismo en la pasada centuria. Su creación como estado asociado de la Confederación Granadina data de la reforma constitucional de 1858 y como departamento de la República de Colombia a partir de la constitución de 1886.

Boyacá es la Cuna de la Libertad en Colombia. Boyacá se deriva del vocablo muisca "Boiaca", que significa "Cercano del Cacique", o "Región de la Manta Real".